Beberapa program yang saat ini dijalankan di bawah pengawasan Pusat Kajian Al Quran (PKQ) antara lain:
- MTs & MA Tahfidzul Quran
- Tahfidzul Quran regular
- Olimpiade Al Quran, yang dilaksanakan setahun sekali dan diikuti oleh beberapa TPQ di sekitar Pesantren
- Penerbitan buletin dwi bulanan “Kaffah”